Las malformaciones congénitas pueden producir patologías de distinto tipo. Por esto, el tratamiento de cada una de ellas será diferente. Del mismo modo, el grado de eficacia de cada tratamiento será distinto. El mejor momento para aplicar el tratamiento también dependerá del tipo de malformación. En cualquier caso, el tratamiento de estas alteraciones dependerá de la gravedad del cuadro y los riesgos de la intervención.
El tratamiento de las malformaciones congénitas es complejo y dependerá en cada caso de muchos factores: gravedad del cuadro, alteraciones cromosómicas asociadas, riesgos de la intervención en sí y disponibilidad de recursos.
Por lo cual suele plantear serios conflictos éticos tanto a los padres como a los profesionales que lo atienden. En algunos casos, los grandes avances de la cirugía han dado como resultado una excelente supervivencia y en muchos de ellos, con buena calidad de vida.
Sin embargo, otros niños afectos deberán seguir toda la vida con limitaciones, nuevas operaciones y rehabilitación.
| Problema o cuadro malfomativo | Existe tratamiento de cirugía | Momento recomendado | Resultado y otros cuidados |
| Labio leporino | Sí | Precoz (el primer año) | Excelente |
| Fisura palatina | Sí | Precoz (primeras semanas) | Excelente |
| Cardiopatías congénitas | Sí | Dependen del tipo | Excelente. Necesitan revisiones periódicas. Algunos necesitan reintervenciones |
| Hidrocefalia | Sí | Precoz (en cuanto se diagnostica). Incluso antenatal |
Buena. Puede recidivar o tener complicaciones. |
| Meningocele, mielomeningocele, espina bífida. | Sí | Precoz (periodo neonatal) | Buena. Suelen quedar secuelas más o menos serias. |
| Hipospadias | Sí | Tardía (2-4 años) | Excelente |
| Alteraciones esqueléticas mayores (Artrogriposis, acondroplasia, hipocondroplasias… | Sólo en algunos casos | En varias etapas | Regular. Nunca se obtiene una corrección completa |
| Atresia de esófago (o de duodeno) | Sí | Precoz (en cuanto se diagnostica) | Excelentes (Aunque depende de la extensión de la anomalía) |
